V suterénu muzea se nachází expozice archeologie. Návštěvník uvidí předměty, které byly nalezené především v okolí Milevska.
V přízemních místnostech jsou vystaveny památky na dějiny města a částečně i kláštera od 16. století až do poloviny 20. století.
Sály prvního patra jsou koncipovány jako muzeum pro celou rodinu, tedy aby každá kategorie návštěvníků mohla najít něco, co by bylo zajímavé.
Ve druhém patře se nachází výstavní sál, který slouží k pořádání krátkodobých výstav historických předmětů, vztahujících se k vybraným dějinným událostem.
