Den ersten Anreiz zur Gründung des Museums in Milevsko kam nach dem Appell des Bezirksvereins für Nachwuchs des tschechoslowakischen Landgebietes im Jahre 1913. Dieses Dokument, unterzeichnet durch den Lehrer und Referenten der Museumskomission Josef Gottwald aus Božetice, forderte die hiesigen Bürger dazu auf, alte Gegenstände für das künftige Museum zu sammeln. Obgleich einige Gegenstände für das Museum gesammelt werden konnten, mussten diese Aufgrund des Platzmangels vorerst im Gebäude der Bezirksdarlehenskasse aufbewahrt werden. Im Laufe des ersten Weltkrieges gingen die meisten Gegenstände verloren, übrig geblieben ist nur ein alter Pflug.
Aus dem Jahre 1913 existier u. a. eine Zuschrift der Bezirkshauptmannschaft Tábor, das dem Stadtrat in Milevsko adressiert wurde. Die Hauptmannschaft hat den Stadtrat gebeten, zumindesten die wichtigste Fragmente der alten St.-Nikolaus-Kirche in Sepekov zu übernehmen und im neue Museum auszustellen. Dem Dokument ist die Notiz zu entnehmen, dass der Antrag am 14. Januar 1914 vom Stadtrat zur Kenntnis genommen wurde.
An dieser Stelleverstummen sämtliche Vorbereitungen zur Entstehung des neuen Museums. Zwischen den Jahren 1914 und 1924 existieren keine Berichte darüber, was mit den Sammlungen geschah. Mehr erfuhren wir erste aus dem Schriftstück der politischen Kreisverwaltung, die dem hiesigen Kulturverband und dem Stadtrat am 4. November 1924 zugestellte wurde. In diesem Schriftstück steht, dass die Bezirkshauptmannschaft den Stadtrat in Milevsko erneut zur Gründung des Museums aufforderte. Zu Beginn der 20er Jahre bemühte sich um dasselbe der Lehrer Štěpán Dvořák, der im Jahre 1923 leider vorzeitig verschieden ist und einige seine Sammelstücke angeblich der Pfarrer im Zuwachsbuch bei zahlreichen Ausstellungsgegenständen als Spender angeführt. Ab November 1923 bis März 1926 fehlen wiederholt jedwede Berichte über das geplante Museum. Zu Beginn des Jahres 1926 wurde ein Museumverein gegründet, dessen Satzungsvorschriften durch die politische Landesadministration genehmigt wurden. Die Hauptversammlung des Museumsvereins hat am 21. Januar 1927 stattgefunden.
Die Gründe des Museumsvereins war eher eine formale Angelegenheit, den im Laufe der kommenden Jahre zeigte der Verein keine Aktivitäten. Der Verein wurde erst im Jahre widerbelebt, nachdem sich an den Aktionen die hiesigen Schulinspektor Václav Levý und Josef Hofman mitbeteiligten, Der neuere Verwalter des Museums Herr Zďichynec organisierte die eher mäßigen Museumssammlungen und am 29. 8. 1937 konnten die Einwohner von Milevsko ihr erstes Museum willkommen heißen, das in vier Räumen im Erdgeschoss des Rathauses untergebracht wurde.
Der Ruhm des neuen Museums dauerte nicht lange. Der 2. Weltkrieg brach aus und schon im November 1939 mussten aus Anordnung der Protokolar behörden die Museumssammlungen aus den ursprünglichen vier Räumen in zwei Räume zusammenheften werden, da in den anderen zwei amtiert wurde. Besichtigungen waren fast unmöglich und aus dem Museum wurde vielmehr eine Lagerraum.
Auch dass Kriegsendes im Mai 1945 brachte keine Änderung. Beider Räume wurden erst im Juli 1947 neu organisiert ausgestellt. Das Museum hatte jeden Sonntag ab 10 bis 11 Uhr geöffnet. Es war jedoch offensichtlich, dass es sich um einen Übergangszustand handelte.
Die Situation änderte sich erst im Jahre 1949, nachdem das Museum in das Gebäude der im Barockstil errichtete Prälatur auf dem ersten Hofplatz des hiesigen Klosters umsiedelte. Der Museumverein wurde aufgelöst und die Sammlungen übernahmen im Jahre 1951 der Gemeindenationalausschuss und später de Bezirknationalausschuß in Milevsko. Im Jahre 1960 wurde das Museum erneut zum Stadtmuseum ernannt.
In den 70 er Jahre musste da Museum aufgrund von baulichen Änderungen mehrere Jahre geschlossen bleiben. Die Wiedereröffnung fand im Mai 1975 nach Abschluss notwendiger Ausbauarbeiten statt. Der Direktor des Museums war zu dieser Zeit Herr Jiří Frey, der im Jahre 1991 durch Věra Englichová abgelöst wurde. Heutigen Direktor des Museums ist seit Juli 2004 Vladimír Šindelář, der den bestehenden Fond der militärhistorischen Sammlungstücke verwalte.
Die Sammlungen häuften sich und im Jahre 2007 entstand in den Kellerräumen eine Exposition zum Thema Urzeit und älteste Geschichte der Region Milevsko. Die Sammlungen zählten bis 25 000 Stück und deren Qualität nahm stets zu. Teil der Sammlungen waren u. a. alte Drückstücke aus dem 16. – 18. Jahrhundert, historische Uhren, zeitgemäße modern Grafik aus der Hälfte des 19. Jahrhundert, historische Uhren, zeitgemäße modern Grafik aus der Hälfte des 19. Jahrhunderts, alte Waffen aus dem 17. und 18. Jahrhundert und modernere Ausrüstung aus dem 19. Und 20. Jahrhundert. Auch die archäologischen Sammlungen häuften sich. Dauerhafte Aufmerksamkeit wird den siamisischen Zwillingen Schwestern Blažek gewidmet, die im Jahre 1878 in der hiesigen Region zu Welt kamen, in der Museumsbibliothek befinden sich 7000 Fachtitel.
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